A origem do CPclin remonta ao tempo em que seu atual diretor clínico iniciou a atividade de pesquisa clínica no ambulatório de doenças metabólicas do Hospital Heliópolis no ano de 1992. Nesta época não havia uma regulamentação nacional específica para esta atividade e o único marco ético existente era a Declaração de Helsinki. A atividade de pesquisa clínica no Brasil era incipiente e a oportunidade de desenvolver protocolos clínicos, mesmo em um hospital de ensino era esporádica.

Com o advento da regulamentação da atividade em 1996, e a criação dos comitês de ética em pesquisa (CEPs), o Brasil começou a se inserir de modo crescente no universo da pesquisa clínica. Deste modo, em 1998 o número de projetos em andamento neste ambulatório já demandava uma estrutura de pessoal, equipamento e espaço físico que não poderia ser mantida, sem prejuízo da atividade primária assistencial do ambulatório.
Foi proposto então, um acordo de cooperação científica com o complexo hospitalar Heliópolis que consistia em um modelo no qual o hospital continuaria sendo a instituição responsável pela pesquisa como fiscalizadora

através de seu CEP e como retaguarda para o atendimento dos eventos adversos sérios, à custa dos patrocinadores, e a pesquisa em si seria conduzida na clínica particular do Dr. Freddy, sem nenhum ônus para o hospital. Assim teve início a pesquisa na Clínica Dr. Freddy Goldberg Eliaschewitz S/C Ltda.Em 2005, a expansão da atividade de pesquisa já não permitia o compartilhamento com a atividade clínica e então, a pesquisa ganhou instalações nas quais permaneceu durante 13 anos. O acordo de cooperação com o Hospital Heliópolis perdurou até o dia 6/9/2006 quando foi desfeito por interferência da CONEP, cuja assessoria jurídica decidiu que uma instituição pública somente poderia fazer uma parceria com uma instituição privada mediante licitação pública. A partir desta data,

o CPclin tornou-se uma instituição autônoma de pesquisa tendo como CEP delegado pela CONEP, o CEP da Faculdade de Medicina da Santa Casa e como hospitais de retaguarda: Hospital Sta. Isabel, Sta. Cecília e Sta. Bárbara. Em 2008, segundo a ANVISA, o CPclin foi considerado o centro de pesquisas clínicas privado com o maior número de projetos do país e foi convidado a participar de um curso de capacitação em pesquisa clínica em Brasília para a própria ANVISA. Nesta ocasião, o CPclin acumulava uma experiência de mais de 80 projetos realizados, alguns dos quais foram considerados estudos fundamentais para a

mudança de conduta clínica, sendo publicados em revistas importantes como o New England Journal of Medicine. Estes fatos somados aos resultados de mais de 50 auditorias internacionais (de patrocinadores), uma inspeção da ANVISA e duas auditorias do FDA (Food and Drug Administration) garantiram ao CPclin ser um centro de excelência prestigiado mundialmente.